گروه میکروب شناسی و ویروس شناسی دانشگاه علوم پزشکی کاشان در سال 1366 آغاز به کار نمود. این گروه در حال حاضر با به کارگیری متخصصین میکروب شناسی و ویروس شناسی به آموزش دانشجویان پزشکی، کارشناسی ارشد میکروب شناسی و دکترای تخصصی باکتری شناسی و مقاطع کاردانی و کارشناسی علوم آزمایشگاهی، پرستاری، مامایی، اتاق عمل، هوشبری، بهداشت خانواده، بهداشت محیط، بهداشت حرفه ای، مبارزه با بیماری ها و فن آوری اطلاعات و دستیاران عفونی پرداخته و آموزشهای لازم متناسب با رشته مربوطه را ارائه داده تا بتوانند از تخصص خود در خدمت به جامعه استفاده کنند. در ضمن گروه در زمینه‌ی بازآموزی پزشکان عمومی، متخصصین و پرسنل پیراپزشکی فعالیت مستمر دارد. گروه می‌کوشد با استفاده از منابع و فن آوری نوین، ابزار لازم برای مطالعه و تحقیق را برای اعضای هیات علمی و دانشجویان علاقه‌مند فراهم سازد تا به تولید و نشر علم بپردازند. اعضای هیات علمی متخصص در رشته میکروب‌شناسی و ویروس‌شناسی در واحدهای تابعه دانشگاه به بیماران خدمات تشخیصی ارائه می‌کنند.