گروه آسیب‌شناسی در سال 1365 به همت آقای دکتر اردشیر طالبی، متخصص پاتولوژی، راه اندازی شد. محل اولیه بخش بالینی آن در بیمارستان شهید بهشتی طبقه زیرزمین و گروه آموزشی، طبقه دوم دانشکده بود که پس از مدتی هر دو قسمت به دانشکده پزشکی منتقل شد که مجددا با تفکیک گروه آموزشی از بالینی، قسمت بالینی به بیمارستان نقوی انتقال داده شد و پس از آموزشی شدن و دانشگاهی شدن بیمارستان شهید بهشتی، بخش بالینی مجددا به بیمارستان شهید بهشتی انتقال یافت و در حال حاضر گروه آموزشی در طبقه دوم دانشکده پزشکی و بخش بالینی در طبقه زیرزمین بیمارستان شهید بهشتی می باشد.

گروه انگل و قارچ‌شناسی همزمان با تاسیس دانشکده علوم پزشکی کاشان در سال 1365 تحت عنوان گروه پاتوبیولوژی آغاز بکار نمود. 7 سال بعد یعنی در سال 1372 به­ عنوان یکی از گروه‌­های اصلی دانشکده شناخته شد و از آن زمان تاکنون تحت عنوان "گروه انگل شناسی و قارچ شناسی پزشکی" به کار خود ادامه می­دهد. در حال حاضر 6 عضو هیئت علمی در سه بخش تک یاخته­ شناسی، کرم شناسی، قارچ شناسی مشغول فعالیت‌­های آموزشی و پژوهشی می‌­باشند.

گروه میکروب شناسی و ویروس شناسی دانشگاه علوم پزشکی کاشان در سال 1366 آغاز به کار نمود. این گروه در حال حاضر با به کارگیری متخصصین میکروب شناسی و ویروس شناسی به آموزش دانشجویان پزشکی، کارشناسی ارشد میکروب شناسی و دکترای تخصصی باکتری شناسی و مقاطع کاردانی و کارشناسی علوم آزمایشگاهی، پرستاری، مامایی، اتاق عمل، هوشبری، بهداشت خانواده، بهداشت محیط، بهداشت حرفه ای، مبارزه با بیماری ها و فن آوری اطلاعات و دستیاران عفونی پرداخته و آموزشهای لازم متناسب با رشته مربوطه را ارائه داده تا بتوانند از تخصص خود در خدمت به جامعه استفاده کنند. در ضمن گروه در زمینه‌ی بازآموزی پزشکان عمومی، متخصصین و پرسنل پیراپزشکی فعالیت مستمر دارد. گروه می‌کوشد با استفاده از منابع و فن آوری نوین، ابزار لازم برای مطالعه و تحقیق را برای اعضای هیات علمی و دانشجویان علاقه‌مند فراهم سازد تا به تولید و نشر علم بپردازند. اعضای هیات علمی متخصص در رشته میکروب‌شناسی و ویروس‌شناسی در واحدهای تابعه دانشگاه به بیماران خدمات تشخیصی ارائه می‌کنند.

با پذیرش اولین سری از دانشجویان پزشکی در سال 1365، گروه علوم تشریح تحت عنوان گروه مورفوآناتومی (MorphoAnatomy)در محل دانشکده دندانپزشکی فعلی شروع به کار کرد. در آن زمان در این گروه تمام دروس آناتومی، بافت‌شناسی، جنین‌شناسی و پاتولوژی برنامه‌ریزی می شد. پس از تکمیل و راه‌اندازی ساختمان جدید دانشکده پزشکی، گروه علوم تشریح در سال 1372 به مکان فعلی آن انتقال یافت. از این سال به بعد گروه تحت عنوان گروه علوم تشریح مسئولیت برنامه‌ریزی و تدریس دروس آناتومی و جنین‌شناسی را به عهده گرفت. از سال 1370 گروه نسبت به جذب اعضای هیئت علمی ثابت اقدام نمود. در سال 1388 گروه علوم تشریح دانشگاه با موافقت وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی نسبت به پذیرش دانشجویان در مقطع کارشناسی ارشد علوم تشریح اقدام نمود. مرکز تحقیقات علوم تشریح در سال 1387 تاسیس و در گروه علوم تشریح دانشگاه آغاز به کار کرد که پس از آن، این مرکز در مکان مرکز تحقیقات فعلی علوم تشریح ادامه فعالیت داد.

گروه فیزیولوژی و فارماکولوژی در سال 1365 در دانشکده پزشکی فعالیت خود را آغاز نمود. در سال 1390 گروه فارماکولوژی مستقل گردید و هم اکنون این گروه با حضور سه نفر عضو هیئت علمی فارماکولوژی در زمینه های آموزشی و پژوهشی مشغول فعالیت می باشد.

گروه فیزیولوژی و فارماکولوژی در سال 1365 در دانشکده پزشکی فعالیت خود را آغاز نمود. در سال 1390 گروه فیزیولوژی مستقل گردید و هم اکنون این گروه با حضور هفت نفر عضو هیئت علمی فیزیولوژی در زمینه های آموزشی و پژوهشی مشغول فعالیت می باشد.

گروه روانشناسی بالینی دانشگاه علوم پزشکی کاشان در سال 1391 با هدف تربیت نیروی انسانی ماهر و متخصص در حوزه روانشناسی بالینی و علوم مرتبط تاسیس شده است. از سوی دیگر این گروه با مرکز تحقیقات تروما در امور پژوهشی همکاری دارد.

گروه مطالعات اعتیاد دانشگاه علوم پزشکی کاشان از گروه‌های آموزشی نوپای دانشکده پزشکی است و در سال 1391 آغاز بکار نمود. در حال حاضر 5 عضو هیئت علمی در پنج بخش فارماکولوژی، مطالعات اعتیاد، روانشناسی بالینی، علوم اعصاب و روانپزشکی مشغول فعالیت می‌باشند.

گروه اخلاق پزشکی در سال 1396 به دنبال ابلاغ مصوبه شورای سیاستگذاری وزارت بهداشت مبنی بر ضرورت تشکیل گروه مستقل اخلاق پزشکی در دانشگاه‌ها، به همت ریاست اسبق محترم دانشکده پزشکی جناب آقای دکتر تقوی اردکانی و مدیریت آقای دکتر علی صابر تشکیل شد. گروه در محل دانشکده پزشکی (اطاق اساتید - طبقه اول) مستقر شد. با توجه به عدم وجود متخصص اخلاق پزشکی قبل از سال 1391 تدریس اخلاق پزشکی در این دانشکده اغلب توسط متخصصانی از رشته های معارف اسلامی بوده است که معمولا بر اساس علاقه فردی و بسته به میزان دسترسی شان به منابع، با مطالعه خودآموز، توانمندی نسبی در ارائه این درس به دست آورده بودند. سپس ازسال 1391 تا 1395 به عهده ی پزشک دارای MPH اخلاق پزشکی و دانشجوی PhD اخلاق پزشکی و از سال 1395 تاکنون به عهده پزشک و متخصص اخلاق پزشکی بوده است.

گروه علوم سلولی کاربردی دانشکده پزشکی دانشگاه علوم پزشکی کاشان با مصوبه دبیرخانه شورای آموزش علوم پایه پزشکی وزارت بهداشت و درمان و آموزش پزشکی در سال 1391 شروع به کار نمود. پذیرش دانشجوی مقطع دکترای علوم سلولی کاربردی برای دانشگاه علوم پزشکی کاشان در مورخه 29/8/1391 به تصویب دبیرخانه شورای آموزش علوم پایه پزشکی وزارت بهداشت و درمان و آموزش پزشکی رسید. جذب دانشجویان رشته برای اولین بار در بهمن 1391 شروع شد و پس از آن در سال 92 نیز یک گروه از دانشجویان در مقطع دکترا در این رشته پذیرفته شده اند. گروه توانست با توجه به ایجاد زیر ساخت مناسب و حضور اعضای هیأت علمی توانمند و نیز با موافقت بورد تخصصی مهندسی بافت و علوم سلولی کاربردی، پس از چند سال وقفه، مجدداً در سال 1400 دانشجوی مقطع دکترای تخصصی علوم سلولی کاربردی پذیرش نماید.

دروس آداب پزشکی در سال 1396 به برنامه آموزشی پزشکی عمومی اضافه گردید و از سال 1397 این دروس تحت نظر گروه روانشناسی بالینی دانشگاه علوم پزشکی کاشان برای دانشجویان سال اول رشته پزشکی ارائه گردید. در سال 1398 گروه مجازی آداب پزشکی دانشگاه علوم پزشکی کاشان متشکل از اساتید گروه های مختلف آموزشی دانشگاه از جمله گروه روانشناسی بالینی، اخلاق پزشکی، آموزش پزشکی و تمامی گروه های بالینی تشکیل گردید. این گروه با هدف آموزش آداب و مهارت های کلیدی که باید یک پزشک در حرفه طب برخوردار باشد، در دانشکده پزشکی آغاز به کار نمود. در این گروه سالانه به بیش از 100دانشجو دوره علوم پایه پزشکی عمومی، مهارتهای مقدماتی حرفه ای، اخلاقی، تحصیلی و ارتباطی آموزش داده می شود. فعالیتهای آموزشی این گروه در قالب 4 درس آداب پزشکی می باشد که هر درس در قالب 5/0 واحد عملی کارگاهی به دانشجویان سال اول و دوم رشته پزشکی عمومی ارائه می شود.

بر اساس بند 9 ازمادۀ 3 مصوبه جلسات 322- 324 شورای عالی انقلاب فرهنگی، در حال حاضر نظارت بر کیفیت ارایۀ دروس معارف اسلامی و ارزیابی گروه های معارف بر عهدۀ نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاهها (معاونت امور دفاتر، اساتید و مبلغان) قرار دارد و بر اساس مصوبۀ 249 جلسۀ مورخ 11/4/1370 شورای عالی انقلاب فرهنگی گروه معارف اسلامی در هر دانشگاه زیر نظر معاون آموزشی انجام وظیفه خواهد کرد. مطابق نامه شماره 16/242904 مورخه 10/7/86 معاون آموزشی وزارت بهداشت و مصوبه چهاردهمین جلسه کمیته معارف اسلامی وزارت بهداشت و درمان مورخه 14/6/86 مقرر گردیده است جایگاه گروه معارف اسلامی در دانشگاه های علوم پزشکی در دانشکده پزشکی قرار گیرد. مطابق مصوبه 347 مورخه 16/12/73 شورای عالی انقلاب فرهنگی، گزینش علمی و عمومی اساتید معارف اسلامی، ارزشیابی عملکرد و نظارت بر کیفیت ارائه دروس و تأیید مدیر پیشنهادی گروه معارف اسلامی قبل از معرفی، از سوی نهاد (معاونت امور اساتید و دروس معارف اسلامی) به صورت متمرکز انجام می پذیرد.

گروه آموزشی کودکان در سال 1368 به عنوان یکی از گروههای آموزشی بالینی دانشکده پزشکی تشکیل گردید.

گروه آموزشی زنان دانشگاه علوم پزشکی کاشان از سال 1370 رسماً آغاز به کار کرده و از سال 1374 اقدام به پذیرش دستیار در رشته تخصصی زنان و زایمان نموده است. از اردیبهشت ماه سال 1391 بخش آموزشی زنان و زایمان علاوه بر بیمارستان شبیه خوانی در بیمارستان شهید بهشتی نیز مستقر شده است که امر موجب افزایش فضاهای آموزشی جهت آموزش دستیاران کارورزان و کارآموزان شده است. تعداد اعضای هیئت علمی گروه زنان 7 نفر می باشد. گروه زنان و زایمان در حال حاضر دارای 2 نفر فلوشیپ نازایی، 2 نفر فلوشیپ پریناتولوژی، 1نفر فلوشیپ اونکولوژی،1نفر فلوشیپ لاپاراسکوپی میباشد. چهار نفر از اعضاء هیئت علمی گروه تاکنون موفق به کسب درجه دانشیاری شده اند. آموزش دستیاران، اینترنها و دانشجویان بیمارستانهای شهید بهشتی و شبیه خوانی با حضور اساتید گروه زنان ضمن ارائه خدمات درمانی به صورت بستری و سرپایی به بیماران صورت می پذیرد .

این گروه یکی از قدیمی­ ترین گروه­‌های آموزشی دانشکده پزشکی است که از سال 1368 تحت عنوان گروه جراحی عمومی به­ عنوان یکی از گروه‌­های اصلی دانشکده مشغول فعالیت شد. طی 10 سال اخیر جراحی قلب نیز به آن اضافه شد. در حال حاضر این گروه 11 عضو هیئت علمی که علاوه بر جراح عمومی فلوشیپ جراحی لاپاراسکوپی، پستان و فوق تخصصهای جراحی قلب، جراحی توراکس، جراحی دست، جراحی اطفال و جراحی فک و صورت می باشد.

گروه جراحی تخصصی مشتمل بر دو بخش ارتوپدی، اورولوژی می باشد. این گروه تا سال 1391 جزو گروه جراحی عمومی بوده و از آن سال از گروه مذکور منفک گردید. همچنین جراحی مغز و اعصاب تا سال 1394 جزو این گروه بوده و با توجه به پذیرش دستیار تخصصی از این گروه جدا شده و تحت عنوان گروه جراحی تخصصی مغز و اعصاب در حال خدمت رسانی به بیماران نیازمند و فراگیران پزشکی می باشد. هم اکنون گروه جراحی تخصصی شامل دو بخش ارتوپدی و اورولوژی می باشد.

گروه بیماری‌های عفونی در سال 1365 به همت آقای دکتر محمود خانبانپور اولین پزشک متخصص عفونی کاشان راه اندازی شد و محل اولیه آن در محل فعلی اورژانس شهر بود. در ابتدا اینترنهایی که اهل کاشان بوده از دانشگاههای دیگر مهمان این دانشگاه میشدند در بخش حضور داشتند. پس از مدتی آقای دکتر احمد خلیفه سلطانی برای گذارندن تعهدات خویش به این بخش آمدند. با انتقال بخش به بیمارستان شهید بهشتی و اضافه شدن آقای دکتر افضلی و آقای دکتر علیرضا شریف گروه عفونی با مدیریت آقای دکتر خلیفه سلطانی شکل گرفت. بتدریج با ورود دانشجویان پزشکی و سپس اینترنها برنامه های آموزشی گروه شکل منسجم به خود گرفت و در سال 1389گروه موفق به اخذ مجوز برای پذیرش دستیار شد.

گروه مغز و اعصاب مجوز پذیرش دستیار رشته مغز و اعصاب در دانشگاه علوم پزشکی کاشان را از سال 1390 اخذ نمود.

گروه ENT همزمان با تشکیل دانشکده پزشکی به صورت مشترک با چشم پزشکی به عنوان بخشی از گروه جراحی در بیمارستان متینی فعالیت خود را آغاز کرد. به تدریج با گسترش دانشکده پزشکی از نظر تعداد اعضاء هیأت علمی گروه چشم و گوش، حلق و بینی به عنوان یک گروه مشترک تصویب شد. پس از مدتی در سال 1382 به عنوان گروه مستقل گوش، حلق و بینی شناخته شد.

گروه چشم پزشکی همزمان با تشکیل دانشکده پزشکی به صورت مشترک با گروه گوش، حلق و بینی به عنوان بخشی از گروه جراحی در بیمارستان متینی فعالیت خود را آغاز کرد. به تدریج با گسترش دانشکده پزشکی از نظر تعداد اعضاء هیأت علمی گروه چشم و گوش، حلق و بینی به عنوان یک گروه مشترک تصویب شد. پس از مدتی در سال 1382 به عنوان گروه مستقل چشم پزشکی شناخته شد.

گروه بیهوشی دانشگاه علوم پزشکی کاشان از شهریور 1389 مجوز پذیرش دستیار رشته بیهوشی را اخذ نمود.

گروه روانپزشکی از سال 1370 به عنوان بخشی از گروه داخلی فعالیت خود را در بیمارستان اخوان آغاز کرد و در سال 1387 همزمان با پذیرش دستیار در رشته روانپزشکی به صورت گروه مستقل به فعالیت خود ادامه داد.

از ابتدای تأسیس دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی کاشان در سال 1365 همزمان با آغاز برنامه های آموزشی پزشکی جامعه محور(community based education) فعالیت‌های گروه پزشکی اجتماعی تحت عنوان گروه بهداشت در دانشکده بهداشت جهت آموزش اصول مراقبت های بهداشتی برای کلیه رشته‌ها و دانشکده‌ها آغاز شد سپس با استقلال این گروه در دانشکده پزشکی فعالیت‌های آموزش پزشکی جامعه‌نگر در دانشکده پزشکی انحصارا توسط این گروه با نام پزشکی اجتماعی ادامه یافت. در بدو تشکیل با 3 عضو هیأت علمی و 2 کارشناس شروع به کار کرد، فعالیت‌های آموزشی پزشکی اجتماعی از سال 1382در قالب دوره‌های کارآموزی و کارورزی در راستای تربیت پزشکان آگاه به مسائل مدیریت بهداشتی و نظام سلامتی از برنامه‌های این گروه آموزشی است تا براساس آن، این افراد قادر باشند با اعتماد به نفس بالا و دید جامعه نگر مدیریت ارائه خدمات بهداشتی کشور را در راستای اجرای مراقبت‌های عملی بهداشتی جهت تامین، حفظ و ارتقاء سلامتی به عهده گیرند.

در سال 1394 به همت خانم دکتر الهه میانه ساز، اولین اقدامات جهت تاسیس بخش طب فیزیکی و توانبخشی در بیمارستان شهید بهشتی انجام گرفت. کلیه دستگاه‌های درمانی لازم توسط ایشان خریداری گردید. در فروردین ماه 1394 برای اولین بار در مجموعه دانشگاه فضایی به وسعت 40 متر به عنوان کلینیک طب فیزیکی و توانبخشی تعیین و تجهیز گردید. همکاری قابل ستایش گروه ارتوپدی به ویژه جناب آقای دکتر غلامرضا خسروی، باعث جذب اولین عضو هیئت علمی متخصص طب فیزیکی و توانبخشی در مجموعه گروه آموزشی جراحی تخصصی دانشگاه علوم پزشکی کاشان در سال 1395 شد. سپس با نظر مساعد دانشکده پزشکی، گروه مستقل آموزشی طب فیزیکی و توانبخشی در فروردین 1397 تاسیس گردید.

گروه جراحی مغز و اعصاب فعالیت خویش را در بخش جراحی مغز و اعصاب در بیمارستان نقوی از سال 1370زیر نظر گروه جراحی عمومی آغاز نمود. در سال 1390 گروه جراحی اختصاصی از گروه جراحی عمومی جدا و به عنوان گروه مستقل شروع بکار نمود و گروه جراحی اختصاصی به بیمارستان بهشتی انتقال یافت. این گروه شامل گروه‌های ارتوپدی، اورولوژی و جراحی مغز و اعصاب بود که مدیر گروه آن آقای دکتر خسروی جراح متخصص ارتوپدی بود. بخش جراحی سه مغز و اعصاب و ICU دو به بیماران جراحی اختصاص یافت. در سال 1394 گروه جراحی مغز و اعصاب با پذیرس دستیار از گروه جراحی اختصاصی جدا و به عنوان گروه مستقل با مدیریت آقای دکتر اسماعیل فخاریان شروع بکار نمود به این گروه هر سال دو دستیار تخصصی اضافه میشود. این گروه در آموزش دستیاران گروه نورولوژی نیز نقش دارد ودستیاران نورولوژی دوره چرخشی آموزشی در این گروه میگذرانند