گروه بیماری‌های عفونی در سال 1365 به همت آقای دکتر محمود خانبانپور اولین پزشک متخصص عفونی کاشان راه اندازی شد و محل اولیه آن در محل فعلی اورژانس شهر بود. در ابتدا اینترنهایی که اهل کاشان بوده از دانشگاههای دیگر مهمان این دانشگاه میشدند در بخش حضور داشتند. پس از مدتی آقای دکتر احمد خلیفه سلطانی برای گذارندن تعهدات خویش به این بخش آمدند. با انتقال بخش به بیمارستان شهید بهشتی و اضافه شدن آقای دکتر افضلی و آقای دکتر علیرضا شریف گروه عفونی با مدیریت آقای دکتر خلیفه سلطانی شکل گرفت. بتدریج با ورود دانشجویان پزشکی و سپس اینترنها برنامه های آموزشی گروه شکل منسجم به خود گرفت و در سال 1389گروه موفق به اخذ مجوز برای پذیرش دستیار شد.