گروه جراحی تخصصی مشتمل بر دو بخش ارتوپدی، اورولوژی می باشد. این گروه تا سال 1391 جزو گروه جراحی عمومی بوده و از آن سال از گروه مذکور منفک گردید. همچنین جراحی مغز و اعصاب تا سال 1394 جزو این گروه بوده و با توجه به پذیرش دستیار تخصصی از این گروه جدا شده و تحت عنوان گروه جراحی تخصصی مغز و اعصاب در حال خدمت رسانی به بیماران نیازمند و فراگیران پزشکی می باشد. هم اکنون گروه جراحی تخصصی شامل دو بخش ارتوپدی و اورولوژی می باشد.