بر اساس بند 9 ازمادۀ 3 مصوبه جلسات 322- 324 شورای عالی انقلاب فرهنگی، در حال حاضر نظارت بر کیفیت ارایۀ دروس معارف اسلامی و ارزیابی گروه های معارف بر عهدۀ نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاهها (معاونت امور دفاتر، اساتید و مبلغان) قرار دارد و بر اساس مصوبۀ 249 جلسۀ مورخ 11/4/1370 شورای عالی انقلاب فرهنگی گروه معارف اسلامی در هر دانشگاه زیر نظر معاون آموزشی انجام وظیفه خواهد کرد. مطابق نامه شماره 16/242904 مورخه 10/7/86 معاون آموزشی وزارت بهداشت و مصوبه چهاردهمین جلسه کمیته معارف اسلامی وزارت بهداشت و درمان مورخه 14/6/86 مقرر گردیده است جایگاه گروه معارف اسلامی در دانشگاه های علوم پزشکی در دانشکده پزشکی قرار گیرد. مطابق مصوبه 347 مورخه 16/12/73 شورای عالی انقلاب فرهنگی، گزینش علمی و عمومی اساتید معارف اسلامی، ارزشیابی عملکرد و نظارت بر کیفیت ارائه دروس و تأیید مدیر پیشنهادی گروه معارف اسلامی قبل از معرفی، از سوی نهاد (معاونت امور اساتید و دروس معارف اسلامی) به صورت متمرکز انجام می پذیرد.